Erzurum'un sembolü haline gelen ve 13'üncü yüzyılın sonlarına doğru yaptırıldığı tahmin edilen Selçuklu eserlerinden Çifte Minareli Medrese, Vakıflar Genel Müdürlüğü'nce 2011-2016'da restore edildi. 2019 yılında Tabiat Varlıkları Koruma Kurulu'nun kararı ile teşhir ve tanzimi yapılan medrese, 'müze' statüsüne alındı. Vakıflar Genel Müdürlüğü, 'Vakıf Eserleri Müzesi'ne dönüştürülecek Çifte Minareli Medrese için çalışma başlattı.
Müzede sergilenecek eserlerin tespiti için Erzurum Vakıflar Bölge Müdürlüğü uzmanları Ağrı, Ardahan, Bayburt, Erzincan, Erzurum, Iğdır ve Kars'taki camilerde incelemelerde bulundu. Belirlenen taşınır eşyalar, tarihi medresede oluşturulan depolarda bakteri, nem, rutubet ve güveden temizlenip arındırıldıktan sonra onarım için atölyelere alındı. Büyük bölümü 16'ncı yüzyıldan kalma el yazması, hat levha, şamdan, halı, kilim, saat, cami sancağı, imaret kazanı, buhurdan, gülabdan, şamdan ve ahşap eserlerin onarımı uzmanlar tarafından yapıldı. Kuzeydoğu Anadolu Kalkınma Ajansı'nın da (KUDAKA) destek verdiği çalışmada onarımı yapılan eserler, medresedeki odalarda sergiye hazırlandı.
2 bine yakın eser arasından onarımı tamamlanan el yazması Kur'an-ı Kerim, sancak, şamdan, saat ve çeşitli eşyalardan oluşan 90 eser Vakıf Eserleri Müzesi'nde sergilenmeye başlandı.
Resmi açılışı yapılmayan Vakıf Eserleri Müzesi'ni ilk olarak Vali Okay Memiş ile Büyükşehir Belediye Başkanı Mehmet Sekmen gezdi. Erzurum Vakıflar Bölge Müdürlüğü sanat tarihçisi Bayram Çelik, Vali Memiş ile Başkan Sekmen'e müzedeki eserler hakkında bilgi verdi. Vali Memiş, "Erzurum, Anadolu'nun en önemli Selçuklu kentlerinden birisi. Çifte Minareli Medrese, Türk İslam medeniyetinin bin yıllık eserlerinden birisi. Bizim tapu senedimiz, bizim Anadolu'daki varlığımızın tapu senetleri burası. Muhteşem bir tarihi eser. Daha önceleri buradaki odalar boştu. Şimdi 90 eseri sergiliyoruz. Ama sergiye layık 5 bin eser var. Onları da sergiye açık hale getireceğiz" dedi.
